O Departamento de Música visa a formação, ao mais alto nível, de profissionais ligados à música: instrumentistas, cantores, compositores, docentes para o ensino de música especializado e técnicos de som, audiovisual e multimédia. Para além dos cursos tradicionalmente existentes no ensino superior (Instrumento, Canto e Composição) devem salientar-se 3 variantes, inovadoras a nível nacional: Jazz, Música Antiga e Produção e Tecnologias da Música. No departamento de Música há diversos agrupamentos que fazem a ponte com o meio profissional e artístico, entre os quais: Orquestra Sinfónica da ESMAE, Coro Geral, Coro de Câmara, Coro de Jazz, Oficina de Música Contemporânea, Orquestra de Cordas, Orquestra de Sopros, Orquestra Portuguesa de Saxofones, Orquestra Barroca da ESMAE, Orquestra de Jazz, Camerata de Cordas da ESMAE, Camerata NovNorte e Sesquialtera – Concerto Renascentista da ESMAE.